Debrecen az 1530-as években vált protestánssá. A városi iskolát is a reformátori vezetés jellemezte már 1538-ban, ezért a hagyomány a Debreceni Református Kollégium alapítását ehhez az évhez köti.

A Református Kollégium falai között kezdettől fogva a legmagasabb foktól a legalacsonyabbig folyt az oktató és a nevelő munka. Diákjai a köznép fiaiból - a parasztok, kézművesek, polgárok, kisnemesek soraiból - kerültek ki. A Kollégiumot minden időben a magyar nép áldozatkészsége tartotta fenn. Ezért szolgálhatta az egyetemes emberi művelődést és haladást.

A Kollégium falai között - a Kollégium imatermében, az Oratóriumban - tartotta a magyar országgyűlés képviselőháza üléseit 1849. január 9-étől 1849. május 31-éig. Amikor másodszor is az ország fővárosa lett Debrecen, itt - szintén az Oratórium falai közt - alakult meg 1944. december 21-én az ideiglenes nemzetgyűlés, s ekkor és itt fektették le az új, demokratikus Magyarország alapjait.

Az iskolák államosításával új korszak kezdődött a Kollégium életében. 1948-ban a gimnázium fokozatosan kezdte elveszteni társait szerte az országban. Megszűnt a Kollégium tanítóképzője, líceuma és polgári iskolája. 1950-ben a teológiai kar az állami egyetem keretéből visszatért a Kollégium kebelébe. 1952-ben a debreceni gimnázium kivételével a megmaradt néhány református középiskolát is államosították. Az 1859-ben alapított Dóczi Leánynevelő Intézet szintén az állam kezébe került. Tanáraik és diákjainak egy része beolvadt a Kollégium gimnáziumába. Végül a középiskolai tanárutánpótlást biztosító Tanárképző Intézet is megszűnt.

A Kollégium birtokában maradtak nagy értékű tudományos gyűjteményei, a Nagykönyvtár, az egyházkerület levéltára és az 1967-ben megnyitott Iskolatörténeti és Egyházművészeti Múzeum. A Kollégium később a Főgimnázium Péterfia utcai épületét is elveszítette, politikai nyomás alatt "felajánlotta" az államnak az épületet.

A Debreceni Kollégium az 1989-es politikai fordulat után ismét bekapcsolódott az újraindult egyházi iskolák és az Universitas szellemi vérkeringésébe. A Kollégium legégetőbb kérdése a további gyarapodáshoz szükséges épületek biztosítása. A Magyar Köztársaság visszaadta a Péterfia utcai épületet, ahol a Kölcsey Ferenc Református Tanítóképző működik. 1992-tó1 újraindult a Kollégium általános iskolája, s ezzel helyreállt az intézmény hagyományos szerkezete.